La ville est traversée par le Tarn et par le canal de Garonne, sur la voie de Saint-Jacques-de-Compostelle, et le long de la véloroute Atlantique-Méditerranée, entre autres sentiers de randonnée.
Grâce à la construction du canal latéral à la Garonne* le trafic fluvial s’est amplifié à Moissac au XIXème siècle. Ce prolongement du canal du Midi a relié Toulouse à Bordeaux en 1857. Le canal enjambe le Tarn, grâce au pont-canal* du Cacor, et compte 4 écluses dans sa traversée de Moissac, dont une permet de rejoindre le Tarn.
Moissac la médiévale, déjà, vivait au rythme de l’eau. Le Tarn acheminait les marchandises, et au XVIIème et XVIIIème siècles, faisait tourner les turbines des moulins, très actifs à cette époque.
Des 9 moulins d’antan, 2 subsistent, en plein cœur de Moissac : Le Grand Moulin, aujourd’hui hôtel-restaurant ; et le moulin du Bidounet, où est né l’affichiste moissagais Firmin Bouisset. Le moulin du Bidounet abrite désormais l’accueil du camping municipal*.
En 1930, des inondations ont ravagé une partie de la ville. Le Tarn sortant de son lit a emporté avec lui plus de 6000 maisons, et fait 120 victimes. Cette crue exceptionnelle a détruit le pont de chemin de fer, obligeant le déplacement provisoire de la voie ferrée sur le pont-canal.
Peu à peu, la navigation marchande a fait place à une navigation de plaisance, exclusivement, et le Tarn et son bassin*, entre le pont Napoléon et le pont-canal*, sont aujourd’hui le théâtre d’activités de détente et de loisirs.
Un port de plaisance* est aménagé au cœur de la ville, le long du canal de Garonne.
Les abords du canal sont aujourd’hui aménagés en sentiers de randonnée, voie verte* et véloroute*. Moissac est aussi une étape majeure sur les Chemins de Saint-Jacques-de-Compostelle*.
